PHYLIP是一個綜合的系統發生分析軟件包，由華盛頓大學的Joseph Felsenstein開發的。現在該軟件包可完成許多系統發生分析。軟件包中可用的方法包括了簡約法、距離矩陣和似然法，一級bootstrap和一致性樹。可以處理的數據類型有分子序列、基因頻率、限制性位點、距離矩陣和二進制離散字符。