國家發改委在2006年公布的一個材料顯示，學生奶計劃在產品供應方面出現了良莠不齊的現象，有些地方甚至將蛋白質含量僅1%的含乳飲料作為學生奶供應。近年來，“蛋奶工程”屢屢出現食品安全問題。專家分析稱，利潤微薄導致企業缺乏安全生產動力。